Kontrolerzy NIK podkreślili w swoich wnioskach, że szpitale przekształcone w spółki nie wdrożyły skutecznego mechanizmu kontroli kosztów. Spośród 20 skontrolowanych placówek tylko jedna prowadziła rachunek kosztów pozwalający na wycenę poszczególnych procedur medycznych, czyli na ocenę ich rentowności. W 70 proc. kontrolowanych spółek nie funkcjonowały komórki audytu bądź kontroli, a także nie prowadzono kontroli wewnętrznej. Przekształcenie zakładów opieki zdrowotnej w spółki nie spowodowało zmiany struktury ich przychodów. Spośród 16 przekształconych w latach 2011-2014 szpitali, których zobowiązania przejęły jednostki samorządowe, w 8 skutki tego procesu miały jedynie doraźny wpływ na wyniki finansowe spółek. Po chwilowej poprawie wynik finansowy — podobnie jak w przypadku SP ZOZ — był ujemny.

W ocenie NIK, przychody nowo powstałych spółek nadal są uzależnione przede wszystkim od realizacji kontraktów z NFZ. Są zatem wciąż na łasce decyzji płatnika publicznego, który — jak twierdzi NIK — nie dysponuje aktualnymi informacjami dotyczącymi procesów i zjawisk epidemiologicznych.

Szpitale działające jako spółki szukały oszczędności głównie poprzez zmianę formy zatrudnienia lekarzy i pielęgniarek z umów o pracę na kontrakty, czyli  umowy cywilnoprawne. Zatrudnianych w ten sposób pracowników nie obowiązują ustawowe zasady dotyczące czasu pracy oraz odpoczynku. We wnioskach z inspekcji Najwyższa Izba Kontroli zwróciła uwagę, że w sytuacji długotrwałego świadczenia pracy przez personel medyczny może to stanowić zagrożenie dla bezpieczeństwa zdrowotnego pacjentów.