Cyfryzacja zasobu danych chorych na nowotwory OUN posłuży przyszłym badaczom

Jeden z projektów, nagrodzonych w XXII edycji konkursu Naukowej Fundacji Polpharmy na finansowanie projektów badawczych, zakłada cyfryzację zgromadzonego materiału klinicznego, w tym klinicznych danych opisowych (diagnoza, rezultat kliniczny) i materiału pobranego od pacjentów z chorobami nowotworowymi OUN.

Cenny materiał badawczy

– Istnieje potrzeba stworzenia łatwo dostępnego zasobu badawczego jako środka prowadzącego do celu, jakim jest odkrycie nowych podejść w walce z nowotworami mózgu. Bardzo użyteczne okazują się tu dane i próbki już zgromadzone, bowiem są trudności w uzyskaniu świeżego materiału badawczego, m.in. ze względu na rzadsze występowanie guzów mózgu w porównaniu np. z nowotworami płuc czy przewodu pokarmowego. Stąd zgromadzenie odpowiedniej ilości próbek do badań zajęłoby całe lata – wyjaśnia zdobywca grantu dr hab. n. med. Robert Paweł Ostrowski z Zakładu Neuroonkologii Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN.

Istnieje neuropatologiczna baza danych cyfrowych w Instytucie Psychiatrii i Neurologii w Warszawie. Zawiera ona liczne przypadki neuropatologiczne, jednak - jak mówi dr Ostrowski – nie jest ona sprofilowana neuroonkologicznie jak projektowana przez niego baza danych. Ta na początek będzie zawierała powyżej 1000 przypadków guzów mózgu.

Zawartość tworzonej bazy danych

Baza danych będzie tworzona na podstawie powstałej w pierwszej kolejności strony internetowej, połączonej z serwerem danych, oczywiście z możliwością przeszukiwania danych, początkowo offline.

– Każdy przypadek będzie miał dedykowaną podstronę, podzieloną na sekcje przedstawiające dane kliniczne, a także sekcje z wbudowaną przeglądarką graficzną i wysokiej jakości fotografiami, przedstawiającymi rutynowe barwienia histologiczne oraz immunohistochemiczne, w tym immunohistochemiczne surogaty mutacji nowotworowych – opisuje dr hab. Robert P. Ostrowski.

Kolejne sekcje będą zawierały pilotażowe dane nt. ekspresji niekodujących RNA w każdym przypadku.

– Baza będzie zapełniana danymi w określonej powyżej kolejności, z tym że utworzenie pełniejszego atlasu niekodujących RNA będzie wymagało dalszych nakładów sił i środków w przyszłości - tłumaczy naukowiec.

Potencjalne wykorzystanie projektu

Unikatowość projektu polega na połączeniu danych z zakresu klasycznej neuropatologii onkologicznej, danych z analizy mutacji nowotworowych oraz charakterystyki niekodujących RNA dla każdej próbki.

– Określenie mutacji nowotworowych pozwoli na wnioskowanie m.in. na temat patomechanizmów guzów mózgu i czynników je uruchamiających. Natomiast wyizolowanie niekodujących RNA, które są regulatorami inwazji nowotworowej, m.in. poprzez supresjonowanie dojrzewania czynników hamujących wzrost guza, może ustanowić cele dla innowacyjnych terapii molekularnych – podsumowuje dr hab. Robert P. Ostrowski.

Przypomnijmy, rozstrzygnięty konkurs Naukowej Fundacji Polpharmy był poświęcony zagadnieniu „Wykorzystania baz danych do poprawy profilaktyki, diagnostyki i terapii”. Grant zdobyły trzy projekty:

• „Mossakowski Digital Neurooncology – cyfryzacja i innowacyjne wykorzystanie archiwalnych danych neuroonkologicznych i klinicznych w IMDiK im. M. Mossakowskiego PAN” dr. hab. n. med. Roberta Pawła Ostrowskiego;
• „Skoordynowana opieka nad pacjentami z rzadkimi schorzeniami skóry w populacji polskiej” prof. dr. hab. n. med. Joanny Narbutt;
• „Wykorzystanie informatycznej bazy danych z repozytorium preparatów DNA/Biobanku Zakładu Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie w diagnostyce i profilaktyce chorób genetycznie uwarunkowanych” dr. hab. Pawła Gawlińskiego.

PRZECZYTAJ TAKŻE: Prof. Narbutt: czas na skoordynowaną opiekę nad pacjentami z rzadkimi chorobami skóry

Powstanie bioinformatyczna baza danych pacjentów z chorobami genetycznie uwarunkowanymi